Un file con estensione file PDB è molto probabilmente un file creato nel formato Database del programma che viene utilizzato per contenere informazioni di debug su un programma o un modulo, come una DLL o un file EXE. A volte sono chiamati file di simboli.
I file PDB mappano vari componenti e istruzioni in un codice sorgente al prodotto finale compilato, che il debugger può quindi utilizzare per trovare il file sorgente e la posizione nell'eseguibile in cui deve interrompere il processo di debug.
Alcuni file PDB potrebbero invece essere nel formato file Protein Data Bank. Questi file PDB sono semplici file di testo che memorizzano le coordinate relative alle strutture proteiche.
Altri file PDB sono probabilmente creati nel formato Palm Database o PalmDOC e utilizzati con il sistema operativo mobile PalmOS. Alcuni file in questo formato utilizzano invece l'estensione del file .PRC.
Come aprire un file PDB
Diversi programmi utilizzano il proprio file PDB per archiviare i dati in una sorta di formato di database strutturato, quindi ciascuna applicazione viene utilizzata per aprire il proprio tipo di file PDB. Geneious, Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio e Pegasus sono solo alcuni esempi di programmi che potrebbero utilizzare un file PDB come file di database. Radar e PDBparse potrebbero funzionare anche per aprire i file PDB.
Alcuni file PDB sono archiviati come testo normale, come i file del programma di debug del programma Geneious, e sono completamente leggibili se aperti in un editor di testo. È possibile aprire questo tipo di file PDB con qualsiasi programma in grado di leggere documenti di testo, come il programma Notepad incorporato in Windows. Alcuni altri visualizzatori di file PDB e editor includono Notepad ++ e Brackets.
Altri file di database PDB non sono documenti di testo e sono utili solo se aperti con il programma a cui è destinato. Ad esempio, se il file PDB è correlato in qualche modo a Quicken, quindi provare a utilizzare tale software per visualizzare o modificare il file PDB. Visual Studio prevede di visualizzare un file PDB nella stessa cartella del file DLL o EXE.
È possibile visualizzare e modificare i file PDB che sono file di Protein Data Bank, in Windows, Linux e macOS con Avogadro. Jmol, RasMol, QuickPDB e USCF Chimera possono aprire anche un file PDB. Dato che questi file sono in chiaro, è possibile aprire il file PDB anche in un editor di testo.
Palm Desktop dovrebbe essere in grado di aprire i file PDB presenti nel formato di file Palm Database, ma potrebbe essere necessario rinominarlo per avere l'estensione .PRC per quel programma in modo da riconoscerlo. Per aprire un file PDD PalmDOC, provare STDU Viewer.
Come convertire un file PDB
Molto probabilmente i file del Programma Database non vengono convertiti in un formato file diverso, almeno non con un normale strumento di conversione file. Invece, se esiste uno strumento in grado di convertire questo tipo di file PDB, sarebbe lo stesso programma in grado di aprirlo.
Ad esempio, se è necessario convertire il file del database PDB da Quicken, provare a utilizzare tale programma per farlo. Questo tipo di conversione, tuttavia, probabilmente non è solo di scarsa utilità ma non è supportato anche in queste applicazioni di database (ad esempio, probabilmente non è necessario convertire questo tipo di file PDB in altri formati).
I file di Protein Data Bank possono essere convertiti in altri formati con MeshLab. Per fare ciò, potrebbe essere necessario prima convertire il file PDB in WRL con PyMOL dal File> Salva immagine come> VRML menu, quindi importare il file WRL in MeshLab e utilizzare File> Esporta mesh come menu per convertire definitivamente il file PDB in STL o in un altro formato di file.
Se non è necessario che il modello sia a colori, è possibile esportare il file PDB direttamente in STL con USCF Chimera (il collegamento per il download è sopra). In caso contrario, è possibile utilizzare lo stesso metodo di cui sopra (con MeshLab) per convertire PDB in WRL con USCF Chimera e quindi esportare il file WRL in STL con MeshLab.
Per convertire PDB in PDF o EPUB, se si dispone di un file PalmDOC, è possibile un certo numero di modi, ma il più semplice è probabilmente quello di utilizzare un convertitore PDB in linea come Zamzar. È possibile caricare il file PDB su quel sito Web per avere la possibilità di convertirlo in quei formati, nonché in AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT e altri formati di file eBook.
Per convertire il file PDB in formato FASTA, è possibile farlo con il convertitore PDB online di FASTA di Meiler Lab.
È anche possibile convertire PDB in CIF (formato Crystallographic Information) online usando PDBx / mmCIF.
Lettura avanzata su file PDB
Puoi leggere molto di più sui file del Programma Database da Microsoft, GitHub e Wintellect.
C'è ancora molto da imparare sui file di Protein Data Bank; consultare Banca dati proteica mondiale e PDB RCSB.
Il tuo file non si sta ancora aprendo?
File PDB che non si aprono con nessuno degli strumenti di cui sopra, probabilmente non sono in realtà file PDB. Quello che potrebbe accadere è che stai leggendo erroneamente l'estensione del file; alcuni formati di file usano un suffisso che ricorda da vicino ".PDB" quando sono davvero estranei e non funzionano allo stesso modo.
Ad esempio, un file PDF è un file di documento ma la maggior parte dei programmi di cui sopra non renderà il testo e / o le immagini correttamente se si tenta di aprirne uno con questi programmi software. Lo stesso vale per altri file con estensioni di file di tipo simile, come PD, PDE, PDC e PDO.
PBD è un altro che appartiene al programma EaseUS Todo Backup ed è quindi utile solo se aperto con quel software.
Se non si dispone di un file PDB, quindi cercare l'estensione del file che il file ha in modo da poter trovare il programma appropriato che si apre o lo converte.
